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DNA甲基化与肿瘤预后分析

    研究人员分析了甲基化图谱对每类癌症的预后评估能力（Circulating tumour DNA methylationmarkers fordiagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma）。在构建模型时，临床和人口学特征都被纳入分析范围，因为年龄，性别，种族以及美国癌症联合委员会的癌症分期等信息都可以提高预测能力。并且对于每种癌症类别，研究人员都使用两种不同的统计学习算法，lasso和boosting，有效地降低了标记物的维度。最后研究人员将预后模型应用在TCGA训练组和验证组，评估结果与经典生存分析Kaplan-Meier法一致，能够明确区分低风险组和高风险组（图3）。因此，甲基化图谱可进行预后和生存率的预测。

    甲基化可以预测不同癌症类型患者的总体生存率。(A)根据lasso算法的综合预后评分，得到的BRCA（乳腺癌）和LUAD（肺腺癌）患者的总体生存曲线（Cox回归曲线和Kaplan-Meier）。（B）根据boosting算法的综合预后评分，得到的BRCA和LUAD患者的总体生存曲线（Cox回归曲线和Kaplan-Meier）。

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DNA甲基化与肿瘤复发检测

    近期一项研究显示，一种新型的化验方法可检测结直肠癌患者血液中的肿瘤DNA，发现肿瘤复发的早期征象，其检出率是现有标准方法的两倍。
    该检测方法发现，将近70%的复发病人血液DNA中存在甲基化的BCAT1和IKZF1基因。而目前用于结直肠癌术后病人肿瘤复发监测的癌胚抗原(carcinoembryonic antigens, CEA)试验，阳性率只有32.1%。

该项研究的共同作者之一，弗林德斯大学的Graeme Young教授指出, 结直肠癌复发率很高，初步治疗后达到临床缓解的结直肠癌患者复发率为30-40%。其中，大部分病人是在治疗后2-3年内复发。全球每年死于结直肠癌的病人高达60万。因此，早期监测肿瘤复发方法的改进无疑可以拯救更多人的生命。这项研究将在Cancer Medcine杂志发表。此外，Young教授和他的同事，弗林德斯大学的Erin Symonds教授，还将在澳大利亚胃肠病学周会（Australian Gastroenterological Week Conference）上展示他们的发现。
    该项发现与既往的研究一致，在结直肠癌患者的血液中检测肿瘤来源的DNA是可靠的。此外，这些数据显示，BCAT1/IKZF1检测可用于临床缓解病人的长期监测，阳性患者进一步做影像学检查，可能更早地发现肿瘤复发的征象。

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DNA甲基化与肿瘤溯源

原发灶不明转移癌（ Carcinoma of unknown primary,CUP）占所有肿瘤病例的3-9% ，死亡率高居第四位，CUP患者的预后很大程度上取决于原发肿瘤的生物学特性。因此找出肿瘤的组织起源，对于改善患者预后具有重要意义。

研究人员利用3个肿瘤数据库，分析了约2800个肿瘤样本和约590个相应正常组织的DNA甲基化水平，肿瘤样本包括结直肠癌、肺癌、乳腺癌和肝癌4种常见恶性肿瘤。研究人员发现，利用特定位点DNA甲基化水平的差异，在3个数据库中区分正常组织和肿瘤组织的准确率超过95%，与传统的诊断方法相当，但样本仅需少量，且过程更加简单快捷。更重要的是，利用结直肠癌特异性的DNA甲基化标记，可准确识别97%的结直肠癌肝转移病灶和94%的结直肠癌肺转移病灶。

研究人员指出，由于约10%的肿瘤首先表现为转移性病灶，其中一部分经过各种检查，原发病灶始终未知，所以DNA甲基化标记能够准确判断肿瘤的组织来源，这对于肿瘤的早期发现具有重大意义。在一份科研报道中研究者说：“这种方法的一大优势在于只需要少量的组织即可获得足量的DNA用于分析，这将减少组织活检造成的损伤，并降低病理诊断对活检组织结构的依赖，或能允许使用未知原发肿瘤来源的转移病灶组织进行检测。”同时还表示，虽然他们的研究目前只报告了4种最常见的恶性肿瘤，但预计相关DNA甲基化检测技术可以很容易地扩展到更多常见肿瘤的诊断。